Пока офицеры и солдаты из батальонов коммандос готовились к рейдам по территории противника, не прекращались бюрократические битвы о том, где и как применять специальные отряды. Для многих высокопоставленных штаб-офицеров, существование отрядов коммандос было проклятием. Эти офицеры считали, что в коммандос собраны самые лучшие солдаты и командиры английской армии, которым лучше было бы оставаться в своих прежних частях. По мнению штабных офицеров войну можно было выиграть только традиционными методами, а коммандос не подходили под эту схему. Но коммандос пользовались поддержкой со стороны премьер-министра, более того, своим существованием они были обязаны его прямому приказу, и мало кто из военных рисковал открыто выступить против Черчилля. Недовольство проявлялось в виде мелких бюрократических придирок, частых директивных изменений названия, роли и структуры особых подразделений, Часто подобные булавочные уколы оборачивались серьезными последствиями.
Например, после формирования бригады особого назначения поступило указание о роспуске М09, что в свою очередь повлекло за собой отставку полковника Кларка. В составе Управления общевойсковых операций тоже не было единства в вопросе о том, как следует использовать коммандос . Адмирал Киз заявлял, что крупномасштабные рейды будут ни чем иным, как “большими представлениями”.
Кроме того, автократическая манера поведения Киза отпугивала от него людей и многие операции коммандос так и остались на бумаге из-за того, что никто не хотел добровольно сотрудничать с Кизом. В 1941 году коммандос были ослаблены из-за того, что некоторые подразделения бригады особого назначения направили на Ближний Восток.
Первое время подразделения разных батальонов коммандос проводили мелкие рейды, Постепенно подобные мелкие операции стали выполнять специальные формирования, укомплектованные коммандос, но фактически подчиненные SOE, а не Управлению общевойсковых операций. Среди таких формирований можно назвать 62-й батальон коммандос (известный также как Отряд по проведению мелкомасштабных рейдов), а также Отряд катеров особого назначения (101-й взвод 6-го батальона коммандос). Однако немногие из мелких рейдов, совершенных в 1941 году, оказались удачнее двух первых вылазок, совершенных еще летом 1940 года.
В июле 1941 года под Амблетезом, к югу от Кале, 17 солдат из 12-го батальона коммандос провели разведку. С противником в контакт вступить не удалось, однако при возвращении назад на борту десантного судна начался пожар и многие солдаты получили ожоги. В августе 30 солдат из 5-го батальона коммандос совершили вылазку еще южнее, но также безрезультатно. В сентябре подразделения 1-го батальона высадились в Нормандии, В этот раз коммандос удалось устроить засаду, в которую угодил немецкий мотоциклетный патруль. Англичане отступили, унося с собой труп одного из гитлеровцев. Наконец, в ноябре 1941 года взвод 9-го батальона коммандос попытался взять штурмом батарею береговой артиллерии немцев, расположенную в устье Сены, однако штурм не удался.
Первый крупномасштабный рейд коммандос провели в марте 1941 года. Целью англичан были четыре небольшие порта на Лофотенских островах, расположенных за Полярным кругом у северо-западного побережья Норвегии, в 900 милях от берегов Великобритании. На островах располагались фабрики по производству рыбьего жира, который отправлялся в Германию, где из него делали глицерин — стратегически важное сырье для производства взрывчатых веществ.
Коммандос доставили к цели на двух гражданских судах, переоборудованных в десантные транспорты, в сопровождении пяти эсминцев. Кроме одной немецкой канонерки, которую взяли на себя эсминцы, в районе островов не оказалось кораблей противника.
Солдаты 3-го и 4-го батальонов коммандос вместе с саперными подразделениями беспрепятственно высадились на берег и успешно выполнили поставленные задачи. В ходе рейды было уничтожено около 4000000 литров бензина и масла, потоплено несколько судов общим водоизмещением 18000 тонн и взято в плен 200 немецких моряков торгового флота. Около 300 норвежцев присоединились к коммандос и отправились вместе с ними в Англию, где поступили на службу в норвежскую армию. Но самым ценным трофеем англичан оказалось большое количество деталей к немецкой шифровальной машинке “Enigma”. Благодаря этой находке англичане смогли расколоть немецкий шифр и всю войну могли свободно расшифровывать немецкие радиограммы. Рейд на Лофотенских островах стал образцом на будущее. Вернувшихся из рейда солдат ждал восторженный прием.
Несмотря на успех, до конца 1941 года других крупных рейдов не проводили. Лишь канадцы провели в августе 1941 года рейд на Шпицберген, уничтожив там угольные шахты, большие запасы бензина и масла, 450000 тонн угля и вывезя в Англию 2000 советских шахтеров вместе с семьями. Этот рейд провели линейные части канадской армии, что усилило позиции противников коммандос. В результате интриг в октябре сэр Роджер Киз был смещен с поста начальника Управления общевойсковыми операциями. Сам Киз утверждал, что его отстранили от должности после того, как он в Палате Общин заявил, что стоит ему спланировать хорошую операцию, так ее непременно кто-то расстроит. Кроме того, Киз открыто сомневался в способности английского правительства управлять армией. Но даже после своего ухода из Управления, Киз продолжал использовать свой авторитет в парламенте, чтобы поддержать коммандос.
27 октября 1941 года на должность начальника Управления общевойсковыми операциями назначили капитана, лорда Луи Маунтбаттена (Mountbatten). Маунтбаттену был 41 год, он был тесно связан с королевской семьей и пользовался репутацией энергичного и удачливого флотского командира. Маунтбаттер собирался сделать так, чтобы войска, оказавшиеся в его распоряжении, больше не проводили операций с сомнительным исходом. Маунтбаттер планировал сформировать коммандос в составе морской пехоты и централизовать подготовку коммандос в Ахнакарри (Шотландия). Планы также предусматривали продолжать рейды в Норвегии.
Первая подобная операция планировалась на 9 декабря 1941 года. В ней должны были участвовать 6-й и 12-й батальоны коммандос. Однако из-за ошибки в навигации транспорты не смогли выйти к заданной точке и операцию отменили.
26 декабря коммандос из 12-го батальона снова “навестили” Лофотенские острова. Англичане в сопровождении 68 норвежских солдат беспрепятственно высадились на острове. Немецкий гарнизон капитулировал без боя. Англичане уничтожили стратегические сооружения на островах и отступили, забрав с собой 29 пленных немцев и 200 норвежцев. Второй рейд на Лофотенских островах был генеральной репетицией событий, произошедших на следующие сутки, 27 декабря к норвежскому порту Ваагсё подошли английский крейсер, четыре эсминца и два десантных транспорта, на борту которых находились коммандос из 3-го батальона и двух взводов 2-го батальона, усиленные саперными и санитарными подразделениями 4-го и 6-го батальонов. Десант был высажен непосредственно в Ваагсё и на соседний остров Маалёй. На этот раз немцы оказали сопротивление.
Сопротивление гарнизона Маалёй англичане быстро подавили огнем корабельной артиллерии, а вот с Ваагсё пришлось повозиться. Лишь к 13.45 город был полностью очищен от противника, а спустя шестьдесят минут англичане уже садились обратно на транспорты. Было потоплено несколько немецких судов общим водоизмещением 15000 тонн, уничтожен завод по переработке рыбьего жира, сожжено несколько складов и разрушена верфь. Коммандос полностью разгромили гарнизон Ваагсё и взяли более 100 пленных. С англичанами в Англию отплыли 70 норвежцев, пожелавших служить в норвежской армии. Потери англичан составили 19 человек убитыми и 57 раненными.
Эти два рейда заставили гитлеровцев усилить свои войска в Норвегии. К 1944 году немецкий контингент в Норвегии составил 370000 солдат. Однако англичане больше не проводили рейдов на Скандинавском полуострове. Лишь SOE продолжал координировать действия норвежских повстанцев Так закончился 1941 год, принесший европейским коммандос как победы так и поражения. Тем временем на Ближнем Востоке дела у коммандос шли гораздо хуже.
