Тамплиеры перебрались на Кипр, начав здесь собирать силы для нового броска на Ближний Восток. Хотя финансовая сеть ордена продолжала действовать бесперебойно, военных перспектив в будущем не просматривалось. Кроме нескольких успешных рейдов на побережье Сирии и Египта, орден занимался только ссудой денег под проценты.
По мере ослабления военной мощи ордена, укреплялись позиции врагов и завистников. Орден обвинили в том, что Святую Землю потеряли из-за злонамеренных действий ордена. Орден обвинили в богохульстве, идолопоклонстве и содомии. Сначала обвинение попытались выдвинуть от имени арагонского короля Якова II, но эта попытка не удалась. Более успешным были действия французского короля Филиппа IV Красивого. Папа согласился с проведением процесса над тамплиерами. В конце 1305 г. великого магистра ордена тамплиеров Жака де Моле вызвали в Рим.
Папа предложил де Моле объединить ордена тамплиеров и госпитальеров в один орден и его силами провести новый крестовый поход из Армении и Кипра. Де Моле, который провел всю свою жизнь на Ближнем Востоке, не понимал всей опасности, нависшей над орденом. Он не воспользовался этим последним шансом спасти орден и отказался от предложений папы. В 1307 г. де Моле вернулся на Кипр.
Филипп настаивал на процессе над орденом. 15 сентября Филипп разослал по всей Франции запечатанные пакеты с предписанием открыть их 12 октября. 13 октября прошли массовые аресты. Бежать удалось лишь 13 тамплиерам. Все остальные, вплоть до последнего слуги, оказались в тюрьме. Под пытками почти все арестованные признались в предъявляемым им обвинениям. 22 ноября папе пришлось разрешить арест тамплиеров по всей Европе.
Под пытками тамплиеры признались в гомосексуализме, дьяволопоклонстве, богохульстве и коррупции. В течение четырех лет орден пытался бороться. В Англии, Испании, Германии и на Кипре ордену удалось оправдаться. Но во Франции процесс продолжался. Многие тамплиеры, которые после допросов отказывались от показаний, вырванных под пыткой, пошли на костер. В апреле 1312 г. Филипп посчитал, что с орденом покончено. Имущество ордена перешло к госпитальерам за обещание тех продолжить активные боевые действия на море. Исключение составила Франция, где все имущество тамплиеров отошло государственной казне.