Несмотря на то, что война против Персии была для Александра, в отличие от Филиппа, главной и единственной целью, он начал свое правление с местных локальных войн. Политика Филиппа по объединению греческих государств оставила от него в наследство как друзей, так и врагов по всей Греции. Однако стремительный переход Александра со своей армией через Фессалию и Фермопилы (336 г.) был достаточно весомым аргументом, чтобы погасить любые устремления к независимости среди греческих полисов, которые быстро признали его преемником отца во всем, что касалось войны против Персии.
Александр быстро организовал дело так, что Грецией управляли назначенные им македонские гарнизоны или политики, полностью ориентированные на Македонию. Причем последних нельзя всех поголовно считать «марионетками»: среди них были талантливые дипломаты, находившие выгоды от такого подчинения, но были и наместники-временщики. Так или иначе, Греция оставалась спокойной, в то время как в 335 г. Александр вынужден был отбыть во Фракию на подавление бунта. Восставшие племена получали помощь от скифских союзников из-за Дуная, но Александр неожиданно повел свою армию на север, очистив берега Дуная от врагов, эффективно воспользовавшись имевшимися там рыбацкими лодками. Лишившись связи со скифами, фракийское восстание пошло на убыль. Планируя персидскую войну, Александру, конечно, нужно было оставить Фракию полностью умиротворенной, чтобы иметь прочный тыл при переходе через Геллеспонт (Дарданеллы) и рейде в персидский глубокий тыл.
Вслед за фракийцами против Македонии выступили племена Иллирии, сопредельного района на Адриатическом побережье. Пока Александр воевал с северными племенами, в Греции в связи со слухами о его гибели вновь оживились надежды на избавление от македонского правления. На этот раз инициаторами восстания стали Фивы. Жители города свергли навязанное им македонское правительство и осадили гарнизон. Два старших македонских офицера в Фивах были убиты. Призыв Фив к восстанию не остался без ответа, и ряд республик поспешил более или менее открыто поддержать фиванцев. Александр форсированным маршем устремился на юг и уже через тринадцать дней появился с войском у стен Фив. Мятежный город был взят штурмом, в результате которого погибло 6000 фиванцев. Дальнейшую судьбу побежденных македонский царь предоставил решать своим союзникам по Коринфской лиге. Согласно вынесенному ими приговору, город был полностью разрушен, а все его граждане, 30000 человек, проданы в рабство. Этот пример послужил уроком остальной части Греции, которая быстро подчинилась македонскому лидерству.
В начале следующей весны Александр был уже готов к войне с Персией. Он назначил Антипатра (Antipater) своим наместником в Европе, оставив ему 12 тысяч пехотинцев и 1500 конников. Александр лично возглавил свою армию вторжения, двинувшуюся через Фракию к Геллеспонту. Точная оценка ее численности не известна, но наиболее правдоподобно выглядят цифры, оценивающие пехотные силы Александра почти в 30 тысяч воинов (в это число входят как тяжелые пехотинцы, так и легкие, например, лучники). Численность конницы оценивается примерно в 5100 воинов. Александр мог ожидать некоторого усиления своего войска за счет присоединения к нему солдат-македонцев в Малой Азии, которые оставались там после незавершившейся войны его отца против греческих городов-союзников Афин в Пропонтиде (на Мраморном море). Впрочем, большинство солдат, вероятно, уже покинуло этот негостеприимный край.
Легкая пехота Александра почти целиком состояла из агриан, национального контингента с земель, лежащих к северу от Македонии. Александра в его войне против иллирийцев поддержал Лангар (Langarus), царь Агриании. Александр планировал за подобную поддержку вознаградить Лангара браком со своей сводной сестрой, но несвоевременная смерть агрианского царя нарушила его планы. Так или иначе, агриане остались среди самых верных воинов Александра. Они участвовали во всех его главных сражениях в Азии и последовали за ним в Индию.
Александр обезопасил свой тыл – греческий материк и Фракию перед началом своего вторжения в Персидскую империю. Осторожность была характерна для него: точно так же он позже подавит все очаги сопротивления на Средиземноморском побережье перед вторжением в Центральную Азию, потом он так же укрепит свои позиции в Месопотамии перед дальнейшим продвижением на восток. Не начинал он и своего рискованного марша на Индию, пока в далекие восточные провинции Персидской империи не были введены преданные ему войска. Терпение, тщательная продуманность политических и стратегических решений у Александра перемежались с импульсивными непредвиденными шагами, которые часто казались результатом настроения. Длительная подготовка и предусмотрительность позволяли Александру действовать порывисто и оправдали его неожиданные перемещения, иначе многие решения выглядели б неоправданными авантюрами.
