Прошло почти пять долгих лет, прежде чем Александр дал следующее грандиозное сражение. Тем не менее, это были отнюдь не мирные годы: большую часть этого периода он был занят энергичной партизанской войной в горах. Дарий бежал в северо-восточном направлении в горы Мидии, правильно полагая, что Александр вместо преследования разбитого царя повернет к большим центральным городам юга – к Вавилону, Сузам и Персеполю.
Александр был хорошо встречен в Вавилоне и Сузах, и его обращение с населением было соответственно по-царски добрым. Однако ему пришлось с боями пробиваться в Персеполь: сатрап этой провинции Ариобарзан сумел после Гавгамел собрать 23 тысячи пехотинцев и 700 конников. В узком горном проходе, так называемых Сузанских воротах, он возвел стену, перегораживающую проход, на штурм которой Александр потратил несколько дней. После этого переход в Персеполь прошел без проблем. Македонская армия отдыхала в городе до конца весны, а перед уходом дворец персидских царей был сожжен. По знаменитой легенде пожар организовала гетера Таис Афинская, любовница военачальника Птолемея, подзадорив пьяную компанию Александра с его друзьями.
Перед выходом в погоню за Дарием через Мидию на север Александр назначил губернаторов недавно завоеванных территорий. В их число были включены люди из бывшей персидской администрации. Возможно, это были первые проявления новой политики по созданию империи с универсальным гражданством. Но подобные шаги не были поняты соплеменниками, а многие из местных жителей не могли простить завоевателям смерть близких, разрушения и страдания. Тем временем Дарий все еще пытался организовать какое-то сопротивление. Он собрал вокруг себя некое подобие армии, ядро которой составили 2000 греческих наемников. В трех днях пути от Экбатана к Александру прибыл персидский перебежчик с вестью, что Дарий покинул город. Подкрепления, которых он ожидал, так и не пришли, и царь пять дней назад отправился на восток к Каспийским воротам с бактрийской конницей и 6000 пехотинцев, взяв 7000 талантов из экбатанской сокровищницы.
Александру так никогда и не удалось встретиться с живым Дарием. Он не смог вовремя предотвратить возможность бегства царя Персии через Каспийские ворота в северных горах. Во время кратковременного отдыха на этом пути в лагерь прибыли новости, что Дария захватила группа его собственных офицеров, среди которых был родственник царя Бесс, сатрап Бактрии, и визирь Набарзан. Бесс вскоре объявил себя царем оставшихся территорий Персидской империи Артаксерксом IV. Он командовал бактрийским контингентом при Гавгамелах, и существовала опасность, что Александр нашел в его лице более решительного врага, чем Дарий.
Было важно уничтожить в зародыше возрождение персидского сопротивления. Александр сразу оставил свою главную армию и бросился в погоню за беглецами с маленьким, но чрезвычайно мобильным отрядом. Они настигли персов на рассвете. Появление македонцев застало врагов врасплох, и единственным их желанием было скорее бежать, а тяжелая повозка, в которой держали Дария, замедляла бегство. Бесс и Набарзан стали уговаривать царя сесть на коня, но тот сказал, что если он не сохранил власть, то желает хотя бы погибнуть достойно: он не станет бежать вместе с предателями. Времени на споры не было. Бесс и Набарзан не хотели, чтобы Дарий попал живым в руки Александра. Они и другие заговорщики пронзили царя копьями и бежали. Набарзан – в Гирканию, Бесс – в свою Бактрию, другие же отправились на юг, в Систан.
Александру оставалось гадать, с каким из отступающих отрядов ушел Дарий. Между тем македонский воин Полистрат, почувствовав жажду, отправился к ручью на равнине и увидел одинокую повозку без возницы. Из повозки он услышал стоны умирающего и, движимый любопытством, заглянул во внутреннюю часть повозки. Там на полу в цепях лежал Дарий в окровавленной царской мантии, и около него был только его верный пес. Царь слабым голосом попросил воды, и Полистрат принес ее в шлеме. Схватив македонца за руку, Дарий поблагодарил небо за то, что не умер в одиночестве. Это были его последние слова.
Когда Александр увидел труп своего врага, погибшего при таких обстоятельствах, он был искренне и глубоко огорчен. Он укрыл тело собственным плащом, велел отвезти его в Персеполис и похоронить с царскими почестями. Со смертью Дария у Александра не осталось никаких препятствий, чтобы объявить себя великим царем, и в Родосской надписи 330 года он именуется «Повелителем, господином Азии» – то есть Персидской империи.
Однако война еще не кончилась. Население Бактрии и Согдианы, двух северных сатрапий, добровольно вошедших в союз с Персидской империей, все еще намеревалось бороться за свою независимость. Перейдя горы Эльбрус и пройдя в Каспий, Александр захватил город Задракарты в Гиркании и принял капитуляцию группы сатрапов и персидской знати; некоторых из них он оставил управлять городами и провинциями. Отклонившись во время этого похода на запад, он частично уничтожил, частично частично покорил мардов. Потом в Гиркании к югу от Каспийского моря принял капитуляцию греческих наемников Дария. Теперь ничто не мешало ему стремительно двигаться на восток. В Ариане он учинил резню за то, что арии сначала сдались, но затем по наущению своего сатрапа Сатибарзана взялись за оружие. Сатибарзан бежал. Здесь, в этих землях, Александр основал еще один город-Александрию Арианскую (ныне Герат).