На протяжении XIII века регенты Ходзё сталкивались с двумя серьезными вызовами. Первым была война Сёкю, когда император Го Тоба попытался свергнуть власть регента Ходзё и вернуть себе всю власть, какой императоры располагали в прошлом. Армия Ходзё под командованием Ходзё Ясутоки вышла из Камакура и направилась к Киото, где армия императора обороняла мост через реку Удзи. Сражение шло на протяжении целого дня, победа досталась Ходзё, который и вступил в Киото с триумфом.
Второй крупный кризис заключался в попытке монгольского хана Хубилая, воцарившегося в Китае и положившего начало династии Юань, вторгнуться в Японию. Ходзё Токимуне в сложившейся ситуации действовал скорее как государственный деятель, а не полководец. Он никогда не извлекал меча из ножен. Но Токимуне сумел найти множество командиров более мелкого уровня, которые успешно защищали Японию. Как регент Токимуне принимал монгольские посольства в 1268 и 1271 годах. Он не поддался на угрозы Хубилая, в результате в 1274 году монгольская армия совершила первую попытку высадки в Японии. Десант начался неподалеку от того места, где сейчас находится город Фукуока на острове Кюсю. Разорив острова Цусима и Ики, монголы атаковали самураев Кюсю, обстреляв их из луков и катапульт. Самураи оказались совершенно неподготовленными к войне с незнакомым противником. К счастью для Токимуне Хубилаю пришлось свернуть операцию после того, как шторм потрепал его флот.
Возможно, монгольское отступление было плановым, так как в монгольском обычае было проводить разведку боем перед крупномасштабным вторжением. На протяжении следующих лет шли активные дипломатические переговоры, но требования хана оставались неизменными. В 1276 году Токимуне приказал казнить монгольского посла и привести западные провинции в полную боевую готовность, ожидая нового десанта. Новый десант монголов последовал в 1281 году. К этому времени японцы возвели защитную стену вдоль бухты Хаката. Самураи сбросили в море авангард монголов и контратаковали монгольские корабли. По-видимому, это был самый знаменитый момент в ходе монголо-японской войны. Затем к берегам Японии прибыли основные силы монгольского флота, но самураи сдерживали действия монголов, нанося им удары и тут же отступая. Стратегия, выбранная японцами, себя оправдала.
Высадка монголов затянулась, а налетевший шторм уничтожил монгольский флот. Этот шторм получил название камикадзе. Уцелевшие монгольские корабли вернулись в Китай, больше попыток высадиться в Японии Хубилай не предпринимал. Но Токимуне еще на протяжении нескольких лет продолжал укреплять западное побережье, ожидая десанта. Огромная нагрузка, выпавшая на долю Токимуне, подорвала его здоровье, и он вскоре умер в возрасте всего 34 лет. Все, кто служил ему, оплакивали его смерть.
