Шерифы, бейлифы и олдермены бургов отвечали за сбор ополчения. Они отвечали за то, чтобы ополченцы были должным образом вооружены и экипированы, они вели учет дезертиров и уклонившихся от службы, организовывали развлечения для ополченцев (обычно за счет уклонившихся от службы). Городское управление также определяло капитана для своих ополченцев, а также формировало роты численностью от десяти до ста человек. Во время сбора имелась возможность подучить ополченцев приемам владения оружием, однако по уровню подготовки и дисциплины ополчение никогда не могло сравниться с профессиональными армиями.
Те, кто не явился, явился без требуемого оружия и экипировки или послал вместо себя неподходящего заместителя, облагался штрафом. Полный список ополченцев направлялся в парламент, подписанный и заверенный печатями, чтобы исключить подделку. Эти списки использовались на месте сбора армии, по ним проверялись, чтобы все мобилизованные достигли пункта сбора. Опоздание с подачей списков наказывалось. Мобилизация ополчения использовалась не только при сборе армии. Известны случаи мобилизации ополчения для строительства укреплений, помощи в транспортировке артиллерийских орудий, а также подвоза провианта для армии.
Отвлечение ополчения на подобные задачи серьезно сокращало возможности короны по формированию армии на случай войны. Даже во времена относительного мира жизнь в королевстве была полна насилием, на которое государство должно было дать немедленный и жесткий ответ. Де ла Броссе, в бытность свою послом, отмечал в 1543 г., что население Шотландии постоянно находится в мобилизованном состоянии, поскольку страну непрерывно раздирают внутренние конфликты. Де ла Броссе пишет, что даже священники, монахи и крестьяне перемещаются по стране лишь в составе больших отрядов, вооруженных пиками, полупиками, мечами и баклерами. Конфликты между кланами и семьями приводили к постоянным стычкам убийствам и ограблениям. Слабость правительства в годы малолетства монархов, постоянная вражда между кандидатами на должность регента означали, что ополчение собирали для участия в гражданской войне. Очень быстро население устало от войны. На годы детства Якова V пришелся наиболее ожесточенный конфликт, увенчавшийся сражениями под Мелроузом и Линлитгоу-Бридж в 1526 г. Многие участники этих боев пошли на войну, чтобы расквитаться со своими старыми врагами, а не из-за желания решить судьбу маленького короля. Англичане и французы манипулировали шотландскими помещиками в собственных интересах. Подкуп, насилие, взятие заложников обеспечивали лояльность шотландцев.
В годы войны 1544-1549 г.г., начавшейся после провала Гринвичского договора, население Восточного Лотиана встало на сторону англичан, снабжая провиантом и дав свободный проход для гарнизона Хаддингтона, тем самым увеличив продолжительность осады этой крепости. Организация в походе Шотландская армия традиционно подразделялась на три полка (ward): авангард, главный полк и арьергард. Однако авангард совершенно не обязательно шел впереди и первым завязывал бой. Под Флодценом Яков IV построил свою армию в четыре или даже пять полков, то есть организация армии зависела от обстоятельств. Граф Леннокс при Линлитгоу-Бридж атаковал двумя полками, третий оказался рассеян до начала сражения, уцелевшие солдаты присоединились к двум оставшимся полкам. Главный полк обычно возглавлял лично главнокомандующий, командование другими полками он доверял своим заместителям. Каждый полк мог состоять из солдат разных типов, но кавалерию и артиллерию обычно выделяли в самостоятельные отряды. Как правило полк формировался по территориальному признаку. Такой подход позволял гарантировать, что капитаны будут знать друт друта, а солдаты стоять друг за друга. В то же время, такой подход имел и недостатки, так как подчеркивал разницу между полками. Это часто приводило к тому, что один полк в целом негативно относился к другому, поэтому на поле боя не оказывал ему поддержки.
Полки организовывалис ьпо примерно по тем же принципам,какие использовались во время смотров ополчения. В 1523 г. Олбани провел мобилизацию, детально расписав требования к каждому шерифству и графству. Он разделил армию на равные по численности четверти. Во главе каждой четверти он поставил капитана (лорда или графа), который, в свою очередь, разделил свою четверть еще на четыре части. При делении солдат распределяли «по приходам или другому признаку», чтобы упростить управление ими, а также подстегнуть их боевой дух. Капитаны в свою очередь назначали помогающих им офицеров.
Ополченцы, прибывшие на смотр, объединялись в роты подходящей численности по типу вооружения. Во главе рот ставили сержантов (whiftlers или ventemen). Оптимальной считалась численность роты в 20 человек, но сомнительно, что такая численность соблюдалась на практике. Роты выступали под собственными знаменами и сами себя обеспечивали провиантом.
