Предложенная Сталиным территориальная система формирования партизанских отрядов оказалась малоэффективной. Например в Прибалтике, где антисоветские настроения были почти повсеместными, сформировать партизанские отряды так и не удалось. На Украине, где был силен национализм, а также практически отсутствовали леса, партизанское движение тоже не обрело должного размаха. Большую мощь партизанское движение обрело в центральной России, Ленинградской области и особенно в Белоруссии, где население симпатизировало советской власти, а густые леса и непроходимые болота были идеальным местом для ведения партизанской войны. Более 80% партизан действовали именно там. Первое время действия партизан были сравнимы с комариными укусами. К декабрю 1941 года многие из первых партизанских отрядов, даже из числа созданных на базе подрывных батальонов НКВД или были разгромлены или самораспустились. Зимой 1941/42 года действовало всего около 30000 плохо вооруженных и оснащенных партизан.
Но в 1942 году партизанское движение начало резко набирать обороты. В тыл противника было направлено большое количество отрядов регулярной армии, которые или просачивались через линию фронта или забрасывались на парашютах. Это вливание повысило боеспособность уцелевших отрядов.
Командование Красной Армии наладило регулярное снабжение партизан по воздуху и из секретных хранилищ, в то время как немецкие оккупационные войска были крайне скудно оснащены. Действия партизан становились все более и более успешными, поэтому на борьбу с ними немцы направили части стран-сателлитов, в первую очередь Словакии. К весне 1942 года выделилось три типа партизанских отрядов. Лучшими из них были военные отряды, возглавляемые кадровыми офицерами и укомплектованные солдатами регулярной армии. Далее шли гражданские или нерегулярные отряды, руководимые комиссарами и коммунистами, на их боеспособности серьезно сказывалось отсутствие боевого опыта. Наконец отряды самообороны представляли собой зачаточные формирования, призванные защитить жителей сел. Эти отряды состояли из ополченцев и не могли эффективно бороться с противником.
30 мая 1942 года в Москве был сформирован Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД), возглавляемый армейскими командирами, но находящийся под пристальным партийным контролем. Партизанские штабы были сформированы при каждом фронте. В подчинении штаба фронта находились местное командование партизанским движением. Каждое местное командование располагало силами, численность которых равнялась примерно бригаде (около 1000 человек). Эти отряды так и назывались бригадами, но не имели номера. Бригады были основными тактическими формированиями партизан. Бригаду возглавляли командир и комиссар. В состав бригад входили штабная рота (с отделением НКВД), рота поддержки численностью до 400 человек (обычно первоначальный отряд) и три стрелковые роты численностью до 100 человек, состоявшие из двух-трех взводов. В партизаны принимали всех, часто проводились насильственные призывы среди местного населения, так что бригады на 60% были укомплектованы крестьянами, а остальную часть составляли военные.)
К декабрю 1942 года в составе партизанских бригад было уже 130000 человек. Партизаны контролировали большие территории в тылу противника и были вооружены пулеметами, противотанковым оружием и даже танками из числа брошенных при отступлении советских машин. В брянских лесах партизаны оборудовали аэродром, с которого действовали несколько партизанских самолетов. Основные силы партизанского движения были собраны в Центральной России. В августе 1942 года была предпринята попытка провести партизанские рейды на Украине, но она завершилась неудачей.
К 1943 году на оккупированной территории возникло несколько партизанских краев, полностью контролируемых партизанами. Была объявлена амнистия националистам, перешедшим на сторону партизан, поэтому к 1944 году многие отряды насчитывали до 20% амнистированных. Хорошая связь с Москвой позволила партизанам наладить взаимодействие с советскими ВВС. К январю 1944 года численность партизанских отрядов достигла 200.000 человек. Однако история партизанского движения близилась к концу. По мере освобождения оккупированных территорий партизаны переходили на службу в ряды регулярной армии. Постепенно партизанское движение сошло на нет, без того драматизма, что имел место на Балканах.
