Гай Юлий Цезарь отстроил Трою после своего визита туда в 48 г. до н.э. Римляне чтили этот город, так как вели свое происхождение от троянца Энея, сына Афродиты (Венеры). Согласно поздней легенде Эней, уцелевший при гибели Трои, сумел бежать на запад и осел в Лациуме в Италии. Таким образом, троянский герой считался предком римлян, а Троя пользовалась репутацией матери Рима. Это верование нашло свое отражение на монетах времен Цезаря. Цезарь, принадлежавший клану Юлия, продвигал идеологию, по которой Юлий (Асканий) сын Энея, обладал божественным правом власти, будучи внуком Венеры. На серебряном динарии времен Цезаря изображено бегство Энея с Палладием — небольшой деревянной статуэткой Афины — в правой руке и отцом Анхисом за спиной.
По приказу Цезаря дорический храм Афины в Трое был перестроен и расширен. Политику Цезаря продолжил пришедший ему на смену Август (27 г. до н.э. – 14 г. до н.э.) От храма до нас дошли только пролеты массивного фундамента и внешняя стена ограды двора, охватывающая площадь 9500 кв. м. На южном склоне “священного Илиона” находятся алтари и боулевтерион (зал совета), а также одион, предназначенный для проведения музыкальных выступлений. Эти два общественных здания датируются периодом правления Августа, но были значительно перестроены при Адриане (117-138 гг. до н.э.). Недалеко от них находится комплекс гимнасия с баней, имевший мозаичный пол. На северо-восток от храма расположен театр, который сооружен на естественном склоне, открывающем вид на долину Симойс и лежащие дальше у горизонта Дарданеллы. Хотя театр раскопан только частично, можно утверждать, что он вмещал порядка 6000 зрителей.
Илион находился под покровительством римских императоров до III в. н.э. Нижний город несколько раз перестраивали, расширяя его, следуя традиционной для римских городов “островной” системе. Благодаря этому обстоятельству город приобрел план регулярной решетки. Водопровод в город протянули с подножья горы Ида. По акведуку пустили глиняные трубы. Константин Великий (324 – 337 гг. н.э.) планировал перенести в Илион свою столицу, и даже начал предварительные работы, прежде чем изменил свое решение и перенес столицу в Константинополь.
При Константине Великом государственной религией Рима стало христианство. Илион превратился в резиденцию епископа. Юлиан Отступник (361-363 гг.) писал, что при нем в храмах Илиона по-прежнему горят жертвенные огни, а статую Гектора намазывают освященным маслом. “Гробница Алиллеса” оставалась нетронутой. Словом, никаких зверств, какие язычники любят приписывать христианам, в Трое не происходило. Вскоре город пришел в упадок, так как его бухту окончательно затянуло илом и он потерял свое экономическое значение. Обреченный город был покинут, но не забыт.
Одион служил общественным местом, где проводили собрания и выступали музыканты. Здание одина подверглось реконструкции во времена Адриана (117-138 гг. н.э.). В одиноне находились полукруглая орхестра и сцена, украшенная статуей Адриана в полных доспехах. Позади орхестры возвышаются ярусы сидений, сооруженные из известняка и разделенные на секторы. Сразу за одионом проходила южная стена Трои.
