Когда второй объединитель Японии Тоёми Хидеёси умер в 1598 году, его сыны Тоёми Хидеёри было всего пять лет. Воспользовавшись этим обстоятельством, даймё и придворные начали плести интриги, стараясь добиться влияния на молодого сёгуна и от его имени править страной. Токугава Иэясу также вел свою игру, которая привела к тому, что все даймё разделились на два враждующих лагеря. Конфликт разрешился в 1600 году апокалипсической битвой при Секигахара. Это было крупнейшее сражение, когда-либо разыгрывавшееся на японской земле. Ниндзя из Ига и Кога участвовали в войне на стороне Токугава, поэтому они также сыграли свою роль в этой кампании.
Кампания началась несколькими сражениями и осадами замков, в том числе замка Фусими к юго-востоку от Киото. Этот замок держал клан Тории, который входил в состав «Восточной армии» Иэясу. Упорная оборона замка позволила «Западная армия» Иэясу выдвинуться на исходные позиции. Обороне замка помогали несколько сот ниндзя из Кога. Некоторые из них находились внутри замка, а другие действовали в окрестностях, нанося беспокоящие удары осаждающей армии. Около сотни ниндзя погибло в ходе осады, и после завершения кампании Иэясу заказал поминальную службу по душам погибших.
Сама же битва при Секигахара началась туманным осенним утром и продолжалась почти до вечера. Поле боя находилось в долине между высокими горами. О тайных операциях в ходе сражения упоминает только один источник. Клан Симазу из Сацума вел снайперскую стрельбу по войскам Токугава. Когда войска Токугава перешли в наступление, самураи зарядили аркебузы и легли на землю, ожидая противника.
В дальнейшем самураи Симазу действовали как живые мины-ловушки. На острие наступавших войск находились «красные дьяволы» Ии Наомаса. Воины этого отряда носили ярко-красные лакированные доспехи, выделявшие их на поле боя. Тем временем, «живые мины-ловушки» дожидались своих жертв. Первой жертвой стал сам Ии Наомаса. Залегший стрелок поразил пулей его коня и ранил самого Наомаса в правый локоть. Конь со всадником рухнули на землю, подоспевшие воины оттащили Наомаса в тыл.
Эта история имеет интересное продолжение. Первую помощь раненому самураю оказал ниндзя Миура Йоэмон, который был дзёсин (старший вассал) самого Ии. Миура Йоэмон происходил из провинции Ига. Сначала он служил Иэясу, а с 1583 года перешел на службу к Ии Наомаса. Подоспевший к раненому ниндзя дал тому какого-то питья, от которого остановилось кровотечение. Жилище Миура, находившееся в Хиконе, сохранилось до наших дней и известно как Ига-мачи.
