Иерархия чинов янычар может выглядеть для нас слишком тяжеловесной. Она отражает то влияние, которое оказали на формирование оджака ахи, фитьян и другие дервишские ордены. Все 196 орт подчинялись енычеры агасы, однако командовать оджаком ему было позволено только в присутствии султана. В другом случае енычеры агасы выступал в роли представителя того человека, которого султан назначал командующим армией.
Другими высшими офицерами оджака были: секбанбаши и кул кяхьяси — помощники енычеры агасы; истанбул агасы, отвечавший за учебные подразделения аджеми оглан и другие янычарские подразделения, входившие в гарнизон Стамбула; оджак имам — главный священнослужитель; солакбаши, который неизменно выбирался из числа янычар; бейтюльмалджи — главный казначей янычар; музир ага — «глашатай» янычар; кяхья еры, который представлял енычеры агасы в Большом совете султана; талимханеджибаши, ответственный за подготовку и военные упражнения; и, наконец, азар баши — начальник тюрем и наказаний. Енычеры кятиби, или «секретарь» янычарского корпуса, был гражданским чиновником, назначавшимся на эту должность на 1 год. Под его контролем находился огромный штат бюрократов. В отличие от него яябаши назначался из числа военных. Первоначально он был командиром пехоты яя, однако впоследствии стал заниматься списками личного состава янычарского корпуса. Старшими офицерами, отвечавшими за набор и подготовку, были: румели агасы, который возглавлял 14 учебных орт и проводил девширме на европейской территории; анадолу агасы, возглавлявший 17 учебных орт и девширме в Азии; гелиболу агасы, который руководил учебными ортами, размещенными в Галлиполи. Когда система набора в янычарский корпус претерпела изменения, была введена должность кулоглу башчавушу, который отвечал за подготовку принятых в оджак сыновей янычар.
Командная структура орт также отражала традиции кочевников-тюрок, согласно которым вождь племени заботился об обеспечении своих людей пропитанием. Янычары говорили о своем султане следующим образом: «Отец, который кормит нас». И названия офицерских чинов в ортах также носили определенный «кулинарный» оттенок. Открывал список чин чорбаджи («суповар»; соответствует полковнику), помогал ему ашчи уста («старший повар»), в подчинении которого были один или больше ашчи («повар»), ниже были баш каракуллукчу («старший помощник повара»; младшие офицеры). Чавуш («посыльный»; приблизительно соответствовал унтер-офицеру) был более известен как каракуллукчу («помощник повара»). Единственным офицером в орте, чин которого имел чисто военное происхождение, был байрактар («знаменосец»). Другими офицерами, отвечавшими за материальное и моральное состояние орты, были одабаши («начальник казармы»), векильхарч (квартирмейстер), сакабаши («начальник водного снабжения») и имам — духовный лидер.
Относительный статус этих офицеров ясен не до конца. Однако можно предположить, что снизу вверх эти чины выстраивались в следующую иерархию: сакабаши, баш каракуллукчу, ашчи уста, имам, байрактар, векильхарч, одабаши и чорбаджи. Простой солдат (нефер или йолдаш) мог иметь один из трех чинов: эшкинджи («боец»; низшее звание), амелиманда ( «ветеран»; солдат, доказавший свою доблесть) и отурак («пенсионер»; тот, кто уже не участвует в кампаниях). Этот последний, самый высокий, чин давал право заниматься торговлей.
К концу XVII в. наиболее важные провинциальные гарнизоны размещались в Багдаде, Басре, Дамаске, Иерусалиме, Алеппо, Каире, Эрзеруме, Конье, Ване, Хании, Коринфе, Фессалониках, Белграде, Сараеве, Видине, Будапеште, Браиле, Бендерах, Кафе, Очакове и Каменце. Большинство из этих гарнизонов находилось под командованием одного из 32 серхад агасы, или начальника местных пограничных сил. Однако при этом большие янычарские гарнизоны в Северной Африке образовывали практически независимый оджак, а янычары, размещенные в Алжире, даже имели свой собственный диван. В XVII—XVIII вв. провинциальные янычарские гарнизоны повсюду приобретали все большую автономность. В Дамаске, например, вскоре возникли два различных вида янычарских формирований: «личная армия» губернатора из ассимилированных капы халкы и две орты «имперских» янычар, державших под своим контролем цитадель и городские ворота.
В янычарском оджаке также была разработана своя собственная система флагов и символов. В этом деле янычары сильно отличались от своих европейских оппонентов. Главный янычарский байрак, или знамя, назывался имам азам. Он представлял из себя полотнище из белого шелка с надписью: «Мы приносим тебе победу — блестящую победу! Бог помогает нам, и помощь Его действенна. О, Мухаммед, радостную весть принес ты истинным верующим». Согласно традиции, Орхан вручил первым янычарским подразделениям красное знамя с белым полумесяцем. Белая звезда, которая наряду с полумесяцем присутствует на современном турецком флаге, была добавлена только после завоевания Константинополя-Стамбула. Другими символами, использовавшимися на османских знаменах, были солнце, звезды, кинжал, геометрические мотивы, «рука Фатимы» и Зуль Факар — «меч Али» с раздвоенным концом. Весьма интересным по своему характеру был туг (бунчук) — турецкий штандарт, сделанный из конского хвоста. Его несли в дне пути перед основной османской армией.
Наиболее известным и необычным из всех янычарских символов был казан — большой медный котел для приготовления пищи. Каждая орта имела свой собственный казан, который считался самым ценным ее сокровищем. В казане готовился пилав (плов) из жареного булгара (пшеницы), и весь личный состав подразделения раз в день собирался вокруг него для принятия пищи. Когда казан проносили на параде, все солдаты и офицеры сохраняли почтительное молчание. Опрокидывание казана было символом мятежа и неповиновения, а место рядом с ним расценивалось как священное убежище. В бою казан служил местом сбора орты при возникновении сложной ситуации. В случае утери казана офицеров, отвечавших за него, ожидало разжалование и бесчестие, а вся орта лишалась права маршировать на параде.
