Теперь, когда сражение закончилось, Абу-Убейда сложил с себя обязанности главнокомандующего объединенными мусульманскими силами, передав командование над мусульманской конницей Хабибу ибн Масламаху (Habib Ibn Maslamah), возглавившему мусульманский авангард. Дамаск сдался на тех же условиях, что и в предыдущий год. Мансур ибн Сарьян участвовал в переговорах как перебежчик из византийского гарнизона. Язид был оставлен управлять Дамаском, в то время как Халид и Абу-Убейда двинулись на север.
До боя византийцы даже предположить не могли, что они будут разбиты, а потому не предусмотрели никаких планов на этот случай и не оговорили тыловых позиций. Теперь большое число воинов отступало в Анатолию, опасаясь быть отрезанными преследующей их мусульманской конницей. Тем временем мусульмане вновь захватили Эмесу В некоторых областях их приветствовали с песнями и танцами, но в северной Сирии византийцы оказали захватчикам упорное сопротивление. Император Ираклий собрал церковное собрание в Антиохии, и общим мнением стало, что византийское неповиновение Богу стало причиной бедствия для христианского мира. Многие надеялись, что после всеобщего публичного раскаяния захватчики отступят, и земли вновь отойдут к Византии. Когда это не произошло, кто-то из священников объявил, что вторжение это есть начало Конца света. Ираклий о потере этой области говорил больше с печалью, чем в гневе на своих нерадивых командиров. Свидетельствуют, что он произнес: «Прощай, о, Сирия, моя верная провинция! Отныне ты мне враг».
И все же император не сдался без борьбы. Да, армия была разбита, болезнь отмеряла последние годы жизни, но ни то, ни другое не парализовало волю Ираклия, как об этом пишут некоторые из историков. Он организовал возведение новых укреплений по границам удерживаемой территории, небольшие отряды из отчаянных сорвиголов устраивали рейды по сирийским территориям. Борьба продолжалась до тех пор, пока объединенные арабские силы не взяли стратегический военный центр Шалкис. Почти наверняка ожесточенная борьба велась в прибрежных горах. Византийцы переняли тактику мелких набегов у своих противников, но избегали решительных сражений и вели переговоры о временном перемирии на 637-638 гг.
Были еще очаги сопротивления к югу от Мертвого моря, но эта область вместе с Палестиной окончательно отошла мусульманам после второго завоевания Дамаска. Иерусалим сдался лично халифу Омару, открыв ворота крепости в 638 г. Цезарея Маритима теперь оставалась единственной византийской крепостью в Палестине. Ее большой гарнизон мог снабжаться морем, пока мусульмане вели осаду города с суши вплоть до 640 г., когда Цезарея и остальные удерживаемые византийцами порты (кроме Триполи) подверглись особенно яростным атакам мусульман.
После этого Сирия по словам Халида ибн Валида была «подобна лежащему спокойному верблюду». Сопротивление прекратилось, некоторая часть арабов-христиан не приняла новый порядок. Среди них был Джабала, вождь гассанидов. После поражения при Яр-муке Джабала ибн-ал-Айхам завязал переговоры с халифом Омаром о переходе на его сторону. Джабала выговаривал себе право остаться христианином, но вместо джизьи и хараджа, налогов, взимаемых с немусульман, платить садакат – почетный налог, платившийся мусульманами. Как видно, царь гассанидов пытался с помощью такой меры утвердить свое особое положение под протекторатом халифата. Омар не согласился на это условие, и в 638 г. Джабала с большим отрядом последователей и их семей пересек границу в Византийской империи, навсегда уйдя с сирийских земель. Он не забывал свою более солнечную родину и как воспитанный араб высказал свои чувства в стихах:
«О, моя мать, у тебя не было сыновей, кроме меня.
Но мое имя не останется в истории.
Как я тоскую о земле моих отцов,
О Дамаске, пристанище после моих скитаний».
Сражение при Ярмуке не удостоилось в современной истории того внимания, какого оно заслуживает. «Серьезные» историки уделяют минимум внимания военным аспектам катастрофического поражения Византии. Этому в немалой степени способствует западная линия неприятия всерьез военных успехов ранних арабов-мусульман. В результате, грубые оправдания, придуманные византийцами (вроде «ветра, валившего христиан с ног»), часто некритичные западные историки выдают чуть ли не за проверенные факты.
