Организация и структура североафриканских армий мавров позднего Средневековья напоминали армии эпохи муваххидов. Распространение получили ленные наделы (ратиб в Марокко, барака в Тунисе), похожие на икта, что существовали на Ближнем Востоке. Правитель исполнял роль главнокомандующего. Визирь обычно занимался административными вопросами, тогда как армией командовал каид, а за обоз отвечал саиб. Военная структура Мали имела образцом Египет. На крайнем западе, вдоль атлантического побережья племена управлялись местной аристократией, чьи права передавались по наследству. Этот принцип перешел в государство Сонгхай, где князья назывались курмина-фари, то есть «вожди западного фронта», а провинциальная аристократия называлась денди. Знаменитый североафриканский путешественник ибн-Баттута жил на западе Африки в 1350-е годы. Он сообщал, что правитель Мали имеет гвардию, состоящую из 300 рабов-солдат, тогда как каждый фирари или главнокомандующий располагал собственным отрядом, в состав которого входили копейщики, лучники и барабанщики.
Способ подготовки, тактика и стратегия оставались традиционными. Например, в сражении при Экидже в 1275 году армия Маринидов разбила кастильцев. Исламская пехота заняла оборонительную позицию, дождалась атаки противника и отразила ее с помощью копий и пик. С другой стороны великий историк ибн-Халдун описал тактику берберов как карр-ва-фарр, то есть «ударил и убежал». В случае опасности берберы использовали своих вьючных верблюдов в качестве импровизированных укреплений. Стратегия Хафсидов заключалась в том, что они избегали крупных сражений и делали ставку на маневр. Их армия могла за сутки пройти до 30 км по ровной местности. В какой-то степени эта тактика практиковалась и к югу от Сахары, где доминировала конница, хотя она была не столь многочисленной, как в конце XIII века.
Военный костюм хафсидских воинов включал в себя головную накидку (тайласан). В начале XIV века в Марокко армия носила легкие тюрбаны, закрывавшие голову, лицо и плечи, оставляя открытыми только глаза – литхам. Характерной деталью воинской экипировки были сапоги и большие шпоры. Во время парадов воины надевали золотые или серебряные поясные ремни. В середине XIV века старшие командиры армии Мали могли носить легкие сапоги со шпорами.
На протяжении XIII века только богатые берберы могли позволить себе кольчугу. Кожаные щиты (дарака) украшались позолоченными или посеребренными накладками. Множество военной экипировки правитель-Маринид послал в дар мамелюкскому султану в Египет. Среди даров также были палатки, позолоченные и украшенные драгоценными камнями мечи, ремни или перевязи, декоративные седла и упряжь, а также один железный шлем, имевший форму шляпы-шашийя – то есть закрывавший не только голову, но и шею владельца. В Марокко в это время распространилась короткая кривая сабля. Армия Хафсидов носила более легкие доспехи, лишь командиры имели железные панцири. Прочие обходились кожаными доспехами. Иногда встречались кожаные щиты-ламты. Некоторые воины вооружались кинжалами, прикрепленными к левому плечу.
Гарнизон в марокканском порту Сеута включал в себя лучников и арбалетчиков. На дальних дистанциях арабы вели беспокоящую стрельбу из мощных составных луков, тогда как на ближних дистанциях применяли арбалеты (аккара). Поскольку у луков имелся тисовый слой, луки не слишком хорошо подходили для использования на море. Ибн-Баттута дает подробное описание оружия, применявшегося в середине XIV века в Мали. Старшие командиры носили позолоченные ножны, а также золотое и серебряное копье в знак своей власти. Каждый командир (фарари) имел право носить рога, сделанные из слоновьих бивней. До нас сохранилось несколько экземпляров кольчуг египетских мамелюков XV века. Эти кольчуги до сих пор хранятся в казне различных сахарских племен, но когда они попали туда – неизвестно. Булавы из эбенового дерева, о которых говорили арабские географы XIII века, вышли из употребления, сохранившись лишь в дальних провинциях.
Артиллерия не оказывала практически никакого влияния на североафриканские укрепления вплоть до конца XV века, несмотря на то, что порох в регионе был известен с давних пор. Так, Мариниды применяли подрывные заряды при Сиджилмасе в 1274 году. Укрепления порта Сеута включали в себя передовые форты, рвы, перерезающие полуостров, башню на островке на южной стороне полуострова, соединенную с материком мостком. В XIII веке католический флот пытался блокировать порт, но был отогнан мусульманами, причем один корабль потерял ход из-за того, что снасти были повреждены стрелами, и был захвачен.
В XIII веке морская мощь Северной Африки приходит в упадок, хотя отдельные попытки возродить былое величие предпринимались в XIV-XV веках. В это время Хафсиды пытались искоренить пиратство и совершали нападения на пиратские базы на Сицилии, Мальте и других островах. Португальский наблюдатель в 1428 году сообщает о том, что большинство кораблей Хафсидов представляли собой галеры с 25-30 скамьями для гребцов. Имелось также семь больших галер, способных перевозить до 100 лошадей.
