Победа при Секигахара была решающей. В 1603 году Токугава Иэясу провозгласил себя сёгуном, избрав своей столицей замок Эдо. Охрану замка обеспечилил ниндзя из Ига и Кога. В задачу выходцев из провинции Ига входила охрана внутренних помещений замка, известных под названием О-ку. Здесь находились комнаты наложниц Иэясу. Ниндзя из района Кога, которых было в два раза меньше, чем ниндзя из Ига, охраняли наружные ворота замка, известные как Оте-мон.
В 1614 году ниндзя снова пришлось участвовать в боевых действиях. Тоётомо Хидеёри достиг совершеннолетия и поднял мятеж. Его оплотом была отцовская крепость Осака. К Хидеёри присоединилось несколько десятков тысяч самураев, по разным причинам недовольных правлением Токугава. Проблема была слишком остра для того, чтобы игнорировать ее, поэтому зимой 1614 года Токугава осадил крепость. Стены Осаки растянулись на почти 20 километров. Токугава активно использовал ниндзя из Ига и Кога, которыми командовали Хаттори Масанари и Ямаока Кагецуге, соответственно. Одним из помощников Иэясу при осаде был Ии Наотака, который унаследовал отцовские владения и отряд самураев в красных доспехах. Поэтому не удивительно, что среди сторонников Ии Наотака числился Миура Йоэмон. Миура происходил из района Набари в провинции Ига. При нем был отряд ниндзя, которых проводил специальные операции, а также участвовал в боевых действиях вместе с армией.
Гарнизон Осака усилил внешний периметр обороны, соорудив барбикан, названный Санада-мару. Штурм крепости начался в четвертый день двенадцатого месяца. Вел армию на штурм Ии Наотака. Он форсировал ров под стенами барбикана. Из-за плотного утреннего тумана атакующая сторона продвигалась вперед с трудом, под градом пуль. Росли потери. Товарищи Ии нашли его на передней линии и попросили скомандовать отступление. Такой приказ был дан, но в шуме боя его мало кто расслышал. Тогда Миура Йоэмон, который занимался тем, что извлекал наконечники стрел из тел раненых, приказал ниндзя вступить в бой таким образом, чтобы использовать в своих целях самурайские обычаи. Ниндзя подошли ко рву и слегка обстреляли находившихся там самураев. Самураи, подумав, что противник зашел к ним в тыл, развернулись и атаковали в направлении от замка. Фактически же был произведен отход. В следующий раз отряд из десяти ниндзя проник в замок с целью вызвать ссору между командирами. Мы знаем, что примерно в это время один из командиров осажденных совершил самоубийство. Очевидно, это произошло не без участия ниндзя.
Первая половина осады крепости Осака, известная как Змеиная кампания, закончилась заключением перемирия, по условиям которого были срыты наружные укрепления замка. Летом 1615 года Иэясу решил продолжить войну и снова осадил на этот раз изрядно ослабленный замок. Ниндзя, участвовавшие в Зимней кампании, вернулись к себе домой несколько разочарованным полученным гонораром. С началом боевых действий Миура снова собрал своих людей – свидетельство того, что ниндзя напрямую не подчинялись сёгуну и по-прежнему выступали в роли независимых наемников даже теперь, когда власть Токугава уже практически ничем не ограничивалась. В ходе новой кампании ниндзя служили примерно также, как и зимой. Тем временем в штабе военачальника Окаяма Кансуке произошел инцидент. В лагере Окаяма собралось такое большое количество сторонников и местных жителей, что вести наблюдение за противником стало невозможно и боевые действия пришлось ограничить. Миура предложил просто открыть огонь по толпе, что и было произведено. Толпа быстро рассеялась.
В результате стрельбы получили ранения два или три солдата из отряда Тодо Такатора. Тодо оказался захвачен врасплох произошедшим и отозвался положительно о действиях ниндзя. Не удивительно, что Тодо одобрил действия ниндзя. Ведь он участвовал во вторжении 1581 года, произведенном Ода Нобунага в провинцию Ига, за что и получил владения в этой провинции. Следуя рекомендациям Токугава Иэясу, Тодо выстроил в своих новых владениях замок Уэно, сохранившийся до наших дней. Этот замок был построен на месте прежнего храма, в котором воины провинции собирали силы, прежде чем начать восстание.
Летняя кампания закончилась ожесточенным регулярным сражением при Теннё-дзи к югу от замка. Ниндзя Ии сражались вместе с пехотой. Свидетельством их успеха стала следующая запись:
«Одна голова – Миура Йоэмон
Две головы – Симотани Санзо
Одна голова – Окуда Касаэмон
Одна голова – Сага Китаэмон».
Потерпев поражение в открытом бою, обороняющаяся армия отступила обратно в крепость. Ии Наотака выставил несколько тяжелых пушек, которыми начал обстрел замка. Вскоре замок пал. Тоётои Хидеёри совершил самоубийство. Горящая Осака стала его погребальным костром.
